في مثل هذا الوقت، من العام 2000، وتحديدا يوم 28 من شهر سبتمبر، اندلعت شرارة الانتفاضة الفلسطينية الثانية، التي عرفت باسم “انتفاضة الأقصى”، كرد فلسطيني شعبي على أعمال الاستيطان "الإسرائيلية"، ورفض حكومة الاحتلال وقتها برئاسة أيهود براك، تنفيذ بنود اتفاقيات السلام، وخضوعه لقوى اليمين المتطرف وقتها، وسماحه لرئيس وزراء الاحتلال السابق أرئيل شارون بتنفيذ عملية اقتحام لباحات المسجد الأقصى، ضمن الخطط "الإسرائيلية" وقتها الرامية لتهويد المسجد.

وتميزت هذه الانتفاضة مقارنة بسابقتها بكثرة المواجهات المسلحة وتصاعد وتيرة الأعمال العسكرية بين المقاومة الفلسطينية وجيش الاحتلال الإسرائيلي، راح ضحيتها 4412 فلسطينيا و48322 جريح.

وأما خسائر الاحتلال الإسرائيلي تعدادها 334 قتيل ومن المستوطنين 735 قتيل وليصبح مجموع القتلى والجرحى "الإسرائيليين" 1069 قتيل و4500 جريح وعطب 50 دبابة من نوع ميركافا ودمر عدد من الجيبات العسكرية والمدرعات "الإسرائيلية".

ومرت مناطق الضفة الغربية وقطاع غزة خلالها بعدّة اجتياحات "إسرائيلية" منها عملية الدرع الواقي وأمطار الصيف والرصاص المصبوب.

كانت شرارة اندلاعها دخول رئيس وزراء الاحتلال الإسرائيلي "الأسبق" أرئيل شارون إلى باحة المسجد الأقصى برفقة حراسه، الأمر الذي دفع جموع المصلين إلى التجمهر ومحاولة التصدي له، فكان من نتائجه اندلاع أول اعمال العنف في هذه الانتفاضة.

يعتبر الطفل الفلسطيني "محمد الدرة" رمزا للانتفاضة الثانية فبعد يومين من اقتحام المسجد الأقصى، أظهر شريط فيديو التقطه مراسل قناة تلفزيونية فرنسية في 30 سبتمبر/أيلول 2000، مشاهد إعدام للطفل (11 عاما) الذي كان يحتمي إلى جوار أبيه ببرميل إسمنتي في شارع صلاح الدين جنوبي مدينة غزة.

ومن أبرز أحداث الانتفاضة الثانية، اغتيال وزير السياحة بحكومة الاحتلال، رحبعام زئيفي على يد عناصر من الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين، ردا على اغتيال الاحتلال الامين العام للجبهة ابو علي مصطفى.

وعمل شارون على اغتيال أكبر عدد من قيادات الصف الأول بالأحزاب السياسية والحركات العسكرية الفلسطينية، في محاولة لإخماد الانتفاضة، ولإضعاف فصائل المقاومة وإرباكها، وفي مقدمتهم مؤسس حركة حماس الشيخ أحمد ياسين، وعدد من كبار مؤسسي الحركة، وأبو علي مصطفى (مصطفى الزبري)، الأمين العام للجبهة الشعبية لتحرير فلسطين.

وخلال انتفاضة الأقصى زجّ الاحتلال بكلا القائدين مروان البرغوثي وأحمد سعدات في السجون وعشرات من قادة الفصائل الفلسطينية، واتُّهم سعدات وتنظيمه بالمسؤولية عن اغتيال وزير السياحة الإسرائيلي رحبعام زئيفي.

وفي عام 2002 بدأ الاحتلال من القدس بناء الجدار العازل لمنع دخول الفلسطينيين من محافظات الضفة الغربية داخل الخط الأخضر ومدينة القدس المحتلة.

وشهدت الانتفاضة الثانية تطورا في أدوات المقاومة الفلسطينية، مقارنة بالانتفاضة الأولى التي كان أبرز أدواتها الحجارة والزجاجات الحارقة.

توقفت انتفاضة الأقصى في الثامن من فبراير/شباط 2005 بعد اتفاق هدنة بين الإسرائيليين والفلسطينيين في قمة "شرم الشيخ"، إلا أن مراقبين يرون أن الانتفاضة الثانية لم تنته لعدم توصل الفلسطينيين والإسرائيليين إلى أي حل سياسي ولاستمرار المواجهات بمدن الضفة.