وُلد إسماعيل عبد السلام هنية في مخيم الشاطئ للاجئين في قطاع غزة في 23 أيار/مايو 1963، بعدما لجأ إليه والداه من مدينة "عسقلان" بعد النكبة عام 1948.
درس المرحلتين الابتدائية والإعدادية في مدارس وكالة غوث وتشغيل اللاجئين الفلسطينيين (أونروا)، وحصل على الثانوية العامة من معهد الأزهر، ثم التحق بالجامعة الإسلامية في غزة، ليتخرج منها عام 1987 بعد حصوله على إجازة في الأدب العربي، ثم حصل على شهادة الدكتوراه من الجامعة الإسلامية عام 2009.
بدأ هنية نشاطه داخل "الكتلة الإسلامية" التي كانت تمثل الذراع الطلابية للإخوان المسلمين في قطاع غزة، ومنها انبثقت حركة المقاومة الإسلامية حماس.
كان عضواً في مجلس طلبة الجامعة الإسلامية في غزة بين عامي 1983 و1984، ثم تولى في السنة التالية منصب رئيس مجلس الطلبة.
اعتقلته سلطات الاحتلال الإسرائيلي عام 1989 لمدة 3 سنوات، بُعيد اندلاع الانتفاضة الفلسطينية، ولبث في السجن 18 يوما، ثم اعتقل للمرة الثانية عام 1988 لمدة ستة أشهر.
دخل هنية السجن الإسرائيلي مجددا عام 1989 بتهمة الانتماء إلى حركة حماس، حيث أمضى ثلاث سنوات معتقلا، وبعدها نفي إلى منطقة مرج الزهور في جنوب لبنان، لكنه عاد إلى قطاع غزة بعد قضائه عاما في المنفى إثر توقيع اتفاق أوسلو، وأصبح رئيس الكتلة الإسلامية في الجامعة الإسلامية بغزة، وفي عام 1997، عُيِّن رئيساً لمكتب مؤسس حركة حماس، الشيخ أحمد ياسين، بعد إطلاق سراحه.
انتُخب رئيساً لحركة حماس في قطاع غزة عقب استشهاد الدكتور عبد العزيز الرنتيسي عام 2004.
ترأس في كانون الأول/ديسمبر 2005 قائمة "التغيير والإصلاح" التي فازت بالأغلبية في الانتخابات التشريعية الفلسطينية الثانية عام 2006.
رشحته الحركة في 16 شباط/فبراير 2006 لتولي منصب رئيس وزراء فلسطين، وتم تعيينه في العشرين من ذلك الشهر.
تعرض لمحاولات اغتيال ومضايقات، حيث جُرحت يده يوم 6 سبتمبر/أيلول 2003 إثر غارة إسرائيلية استهدفت بعض قياديي حماس من بينهم الشيخ أحمد ياسين، ومنع من دخول غزة بعد عودته من جولة دولية يوم 14 أكتوبر/تشرين الأول 2006.
كما تعرض موكبه لإطلاق نار في غزة يوم 20 أكتوبر/تشرين الأول 2006 أثناء صدام مسلح بين حركتي فتح وحماس، واستهدفت إسرائيل منزله في غزة بالقصف في حروبها على غزة سعيا لاغتياله.
أقاله رئيس السلطة الفلسطينية محمود عباس يوم 14 يونيو/حزيران 2007 بعد سيطرة كتائب الشهيد عز الدين القسام، الجناح العسكري لحركة حماس، على مراكز الأجهزة الأمنية في قطاع غزة حسما لانفلات أمني دام شهورا في القطاع، وقد رفض هنية هذا القرار وواصل رئاسة ما أصبح يسمى "الحكومة المقالة" التي تتخذ من غزة مقرا لها.
اختاره مجلس شورى حماس رئيسا لمكتبها السياسي يوم 6 مايو/أيار 2017 بعد انتخابات متزامنة أجريت في العاصمة القطرية الدوحة وغزة عبر نظام الربط التلفزيوني (الفيديو كونفرنس).
وجرت الانتخابات -حسب وكالة أنباء الأناضول- بين ثلاثة من القادة، وهم إسماعيل هنية وموسى أبو مرزوق، نائبا خالد مشعل، والعضو السابق في المكتب السياسي محمد نزال.
أدرجت وزارة الخارجية الأميركية يوم 31 يناير/كانون الثاني 2018 اسم هنية على "قوائم الإرهاب"، وجاء هذا القرار في فترة توتر الأوضاع بين واشنطن والفلسطينيين بسبب قرار الاعتراف بالقدس عاصمة لإسرائيل، وهو القرار الذي أصدره الرئيس الأميركي آنذاك دونالد ترامب.
ووصفت حركة حماس القرار بأنه "مثير للسخرية"، وأضافت "كأننا كفلسطينيين نبحث عن شهادة حسن سلوك عند أميركا".
فور إطلاق حماس عملية "طوفان الأقصى" في 7 أكتوبر/تشرين الأول، ظهر هنية في فيديو بثّته وسائل إعلام مبتهجاً مع قادة الحركة في مكتبه في الدوحة، فيما كان يتابع تقريراً عبر إحدى القنوات العربية لمقاتلين من كتائب عز الدين القسام، الذراع العسكرية لحركة حماس، يستولون على آليات عسكرية إسرائيلية، قبل أن يؤمّ صلاة "لشكر الله على هذا النصر"، بحسب تعبيره.
في 10 نيسان/أبريل استشهد 7 من أفراد عائلة رئيس المكتب السياسي لحماس، بينهم 3 من أبنائه وعدد من أحفاده، في قصف إسرائيلي استهدف سيارة كانت تقلهم في مخيم الشاطئ عندما كانوا يتجولون لتهنئة سكان المخيم بحلول عيد الفطر آنذاك.
كما استشهد 10 أشخاص من عائلته، بينهم شقيقته، في قصف إسرائيلي استهدف منزلهم في مخيم الشاطئ غربي غزة في 24 حزيران/يونيو.
وعلّق هنية على الحادثة، بالقول: إن "دماء شقيقته أم ناهض وأبنائها وأحفادها تختلط بدماء الفلسطينيين في قطاع غزة والضفة الغربية، وكل أماكن وجود الشعب الفلسطيني، ولن تزيده "إلا ثباتاً على الموقف ورسوخاً في المسار ويقيناً بالانتصار".
وفي آخر تصريحاته .. أكد رئيس المكتب السياسي لحماس الشهيد إسماعيل هنية -في آخر ظهور تلفزيوني له أمس الثلاثاء من العاصمة الإيرانية قبل اغتياله- أن "القدس في القلب وهي محور الصراع مع إسرائيل".
وأشار هنية -في تصريحات لقناة "إس إن إن" الإيرانية على هامش حضوره معرض أرض الحضارات في طهران- إلى أن الدول وشعوب الأمة الإسلامية ترى في القدس أنها قبلتها الأولى وأنها محور الصراع مع الاحتلال الإسرائيلي.