تـواجه حكومة الوفاق الوطني تحديات كبيرة في مجموعة من الملفات التي بقيت عالقة، ولاسيما أن رئيس الحكومة رامي الحمدالله بقي وزيرا للداخلية، مع الإبقاء على الأجهزة الأمنية في الضفة الغربية وقطاع غزة على حالها.
ويفتح ملف الأجهزة الأمنية، الباب على ملف الحريات العامة، وضرورة الإفراج عن جميع المعتقلين السياسيين في الضفة الغربية وغزة، كما يبرز ملف تهيئة الانتخابات في غضون ستة أشهر خصوصا مع تصاعد الحديث عن خلافات بين فتح وحماس على الانتخابات في الشتات.
فيما يظل التمويل والعجز المالي في السلطة، عقـبة في وجه حكومة الوفاق الوطني خصوصا لجهة تأمين الرواتب. وتـواجه حكومة الوفاق تحديا بارزا وهو كسر الحصار على غزة، في ظل رفض حركة حماس لاتفاقية المعابر في العام ألفين وخمسة.
