منذ نشأة السلطة الفلسطينية لم تتوقف عن سياسية الاعتقال السياسي، تحت ذريعة احترام اتفاقية "أوسلو" وحماية أبناء حماس من الاحتلال الصهيوني، لأنه حسب الاتفاقية إذا لم تسجن السلطة الشخص المطلوب فيحق للاحتلال اعتقاله.

وتركزت معظم الاعتقالات التي نفذتها السلطة على قيادات حركة حماس والجهاد الإسلامي وعناصرهم وأجهزتهم العسكرية بعد كل عملية ضد الاحتلال.

وفي 25 فبراير/ شباط عام 1996 أعلنت قيادة أجهزة السلطة عن قيامها بأوسع حملة اعتقالات ضد عناصر حركتي حماس والجهاد الإسلامي في الضفة الغربية وقطاع غزة استمرت عدة أشهر، ومع بداية انتفاضة الأقصى عام 2000 توقف الاعتقال بقوة السلاح وغضب الجماهير، وشكل انطلاق الانتفاضة  مرحلة جديدة، إذ توحد الفلسطينيون ضد الاحتلال، وشرعوا في حوارات داخلية قادتها مصر وانتهت باتفاق القاهرة بين الفصائل في مارس/آذار 2005 م، ثم تجددت سياسة الاعتقالات بالضفة الغربية دون قطاع غزة في مطلع 2006  في الانتخابات التشريعية الفلسطينية، التي فازت فيها حماس بأغلب المقاعد وحدث بعدها الانقسام ين الضفة وغزة، وإلى اليوم لا تزال جهود إنهاء الانقسام وتحقيق المصالحة مستمرة.

حركة الجهاد الإسلامي في تصريحات عدة لها، اعتبرت أن الاعتقالات السياسية التي تمارسها السلطة في الضفة الغربية "تأتي ضمن التنسيق الأمني ودعم الاحتلال على الأرض، كما أنها مخالفة للقانون الأساسي الفلسطيني الذي يحرم الاعتقال في حال غياب التهم.

وأوضحت الحركة أن "الاعتقالات السياسية لا تصب إلا في مصلحة الاحتلال الصهيوني"، وأن "السلطة تقدم خدمة مجانية للاحتلال، والذي بدوره يرد عليها بمزيد من التوسع الاستيطاني والاقتحامات والقتل والتهويد ومصادرة الاراضي من كافة مناطق الضفة".

وأشارت أن "الضفة تعاني تدهوراً في مجال حقوق الانسان بسبب انتهاكات السلطة والاحتلال على السواء"، وأنها لن تجني شيئًا إلا السمعة السيئة وخدمة الاحتلال".

من جانبها قالت حركة حماس: إن حملة الاعتقالات التي تشنها أجهزة السلطة في الضفة الغربية المحتلة بحق كوادرها "تأتي ضمن نهج السلطة الإقصائي، ورفضها للرأي الآخر الذي يمثل غالبية شعبنا وفصائله الحية".

وأضافت، إن المصالحة الفلسطينية باتت في خطر مع استمرار الأجهزة الأمنية التابعة للسلطة الفلسطينية في سياسة الاعتقال التعسفي على خلفية سياسية، مشيرةً إلى أن حملة الاعتقالات التي تشنـها السلطة؛ لا يمكن فهمها إلا في سياق تعطيل المصالحة، ووضع العراقيل أمام نجاحها.

ويشار إلى أنه بلغ عدد المعتقلين السياسيين منذ بدء جلسات المصالحة نحو 63 حالة وأكثر من 150 استدعاء من قبل أجهزة السلطة في الضفة.

وكذلك الجبهتين الشعبية والديمقراطية التي اعتبرت أن استمرار سياسة الاعتقالات بالضفة ما هي إلا تساوق مع مخططات الاحتلال,

ولقد شهدت غزة وقفات احتجاجية كثيرة لمطالبة السلطة بالعدول عن سياسية الاعتقالات والتي كان آخرها الوقفة الاحتجاجية التي نظمتها حركة الجهاد الإسلامي اليوم الخميس 29/ نوفمبر.

والتي تحدث فيها  طلال أبو ظريفة القيادي في الجبهة الديمقراطية لتحرير فلسطين ممثلاً عن القوى الوطنية والإسلامية، أن سياسة الاعتقال السياسي باتت خنجر في ظهر المقاومة والفصائل الفلسطينية.

وطالب أبو ظريفة أجهزة أمن السلطة بالعمل على إطلاق سراح كافة المعتقلين السياسيين ووقف الانتهاكات التي يتعرضون لها، ووقف سياسية ملاحقة رجال المقاومة في الضفة.